Samplix CRISPR Validation Services – Detaillierte Validierung von CRISPR-technischen Proben durch die Xdrop ™

Samplix hat einen neuen Service gestartet, um Transparenz in die heutige hochmoderne Gen-Editing-Technologie CRISPR zu bringen. Das Serviceteam empfängt, bearbeitet und verwaltet Proben von gentechnisch veränderten Genomen. Mit Xdrop ™ Indirect Sequence Capture reichern sie lange DNA-Fragmente an, die eine sorgfältig entworfene Detektionssequenz enthalten, die 5 bis 10 kb von der von CRISPR bearbeiteten Stelle entfernt platziert ist. Anschließend sequenzieren sie die angereicherte DNA als lange Lesevorgänge auf dem Oxford Nanopore-Sequenzer und als kurze Lesevorgänge auf einer Illumina-Plattform, um strukturelle Umlagerungen, SNPs oder andere unbeabsichtigte Modifikationen detailliert zu rekonstruieren. Xdrop ™ ist eine von Samplix entwickelte Technologie zur Anreicherung von Genomregionen, die länger als 100 kb sind, mit nur 1 ng genomischer DNA und mit Einzelmolekülauflösung. Im Gegensatz zu anderen Methoden zur Zielanreicherung erfordert Xdrop ™ nur die Kenntnis einer kurzen Sequenz innerhalb oder neben der Zielregion für eine effiziente Zielauswahl. Nach gezielter Selektion wird eine Amplifikation mit mehrfacher Verdrängung auf einzelne DNA-Moleküle angewendet, die in Tröpfchen unterteilt sind. Dies stellt eine unverzerrte Amplifikation großer DNA-Fragmente sicher, die für die Zielvariation in der Originalprobe repräsentativ sind. "Unser Forschungs- und Entwicklungsteam konnte zeigen, dass Xdrop" unbeabsichtigte Löschungen und Umlagerungen während der CRISPR-Bearbeitung charakterisieren kann, die mit häufig verwendeten Validierungsmethoden nicht erkannt werden. Wir hielten es für wichtig, Forschern dabei zu helfen, methodische Fallen zu vermeiden, die das umfassendere Ergebnis ihrer Bearbeitung verbergen könnten. Unsere neuen Dienstleistungen bringen diese Transparenz in jedes Labor “, erklärt Henrik Pfundheller, VP Commercial Operations. Das gleiche Expertenteam aus Wissenschaftlern und Labortechnikern mit über 10 Jahren Erfahrung in internationalen Genomikdiensten, im Umgang mit wertvollen Probentypen, in der Projektlogistik und in der engagierten Kundenbetreuung verwaltet auch die CRISPR-basierten Projekte. In Zusammenarbeit mit Samplix R & D haben sie robuste Protokolle und Betriebsverfahren erstellt, um Ergebnisse von höchster Qualität und eindeutige Erkenntnisse zu gewährleisten. "Das Serviceteam ist in einer einzigartigen Position", fährt Pfundheller fort. "Sie arbeiten mit unseren Kunden zusammen und tauschen ständig Ideen darüber aus, wie und wo Xdrop implementiert werden kann." Sie kennen die Technologie; Sie kennen die Bedürfnisse. Mit ihrer Anwendung bei der Validierung von CRISPR-Ergebnissen bieten sie Forschern weltweit einen enormen Wert. “