PacBio stellt eine neue Methode zur umfassenden, genomweiten Tandem-Repeat-Analyse vor

PacBio (NASDAQ: PACB), ein führender Entwickler von hochwertigen, hochpräzisen Sequenzierungslösungen, gab heute die Verfügbarkeit einer neuen computergestützten Analysemethode zur Profilerstellung von mehr als einer Million Tandem-Repeats (TRs) im gesamten menschlichen Genom unter Verwendung von PacBios nativer Langzeitsequenzierung bekannt. HiFi-Sequenzdaten lesen. Das Tandem Repeat Genotyping Tool (TRGT: „Target“ ausgesprochen) soll Wissenschaftlern die Möglichkeit bieten, eine vollständige Charakterisierung der Sequenz und des Methylierungsstatus von TRs im gesamten Genom zu erhalten. Wir glauben, dass TRGT es Wissenschaftlern ermöglichen wird, die Rolle bekannter TRs bei menschlichen Krankheiten besser zu verstehen, und zur Entdeckung neuer krankheitsverursachender TRs führen könnte. Tandem-Wiederholungen sind genetische Sequenzen, die in Reihe wiederholt werden und von Elternteil zu Kind an Länge zunehmen können. Wichtig ist, dass TRs mit vielen neurologischen Erkrankungen wie ALS und der Huntington-Krankheit in Verbindung gebracht wurden, zusätzlich zu der Hauptursache für erbliche geistige Behinderung, dem Fragile-X-Syndrom. „Wir haben TRGT entwickelt, um die genetische und epigenetische Variation in einer der schwierigsten Variantenklassen, den Tandem-Wiederholungen, zu charakterisieren“, sagte Michael Eberle, Vice President of Computational Biology bei PacBio. âBislang wurden Tandem-Wiederholungen aufgrund von Einschränkungen in der Fähigkeit von Short-Read-Sequenzierungstechnologien, diese Regionen des Genoms zu sequenzieren, zu wenig untersucht. Durch die Kombination von HiFi-Sequenzierung und TRGT beabsichtigen wir, Wissenschaftlern die Möglichkeit zu geben, diese komplizierten genomischen Regionen zu erforschen und zu charakterisieren und letztendlich ihre biologischen Auswirkungen besser zu verstehen.“ TRGT soll es Forschern ermöglichen, die Sequenzzusammensetzung und -struktur zu charakterisieren, wiederholen Einheitslänge und CpG-Methylierung für jedes analysierte Repeat-Allel und jede flankierende Sequenz im gesamten Genom. Die verbesserte Charakterisierung der TR-Variation kann bei der Tertiäranalyse auf krankheitsverursachende Loci hilfreich sein. Zum Beispiel kann TRGT die sehr langen (Tausende von Basenpaaren) Wiederholungen charakterisieren, die mit bestimmten Krankheiten verbunden sind. TRGT kann auch Änderungen der Sequenzzusammensetzung identifizieren, die möglicherweise mit pathogenen Expansionen bei Krankheiten wie zerebellärer Ataxie mit Neuropathie und bilateralem vestibulärem Areflexie-Syndrom (CANVAS) verbunden sind. Da HiFi-Reads CpG-Methylierung identifizieren können, kann TRGT außerdem Hypermethylierungssignale identifizieren, wie sie bei Erweiterungen der Myotonen Dystrophie beobachtet werden. „Die TRGT-Methode ist eine wesentliche Verbesserung der Repeat-Expansion-Analyse und hilft uns bei der Entdeckung neuer und potenziell wichtiger Varianten, die mit Krankheiten in Proben von Personen mit Erbkrankheiten in Verbindung gebracht werden können“, sagte Stephan Zuchner, MD, PhD, Professor und Chief Genomics Officer der Miller School of Medicine, University of Miami. Dr. Zuchner und sein Kollege Matt Danzi, PhD, Wissenschaftler und Bioinformatiker, konzentrieren sich auf die Erforschung der Charakterisierung von Wiederholungsexpansionen in Kohorten von gesunden und seltenen Krankheiten. Um die Benutzerfreundlichkeit zu verbessern, enthält TRGT auch ein Begleittool, TRVZ, zur Visualisierung der Read-Pileups und Methylierungsdaten für jedes analysierte Repeat-Allel und jede flankierende Sequenz.